De acuerdo a la regionalización faunística propuesta en el Nuevo Atlas de Cuba, el municipio de Trinidad pertenece al distrito Cuba Central, donde existe una rica variedad faunística que incluye especies de invertebrados, peces, anfibios, reptiles, aves y mamíferos

algunos de ellos endémicos o con características únicas, como es el caso de la más pequeña de las aves: el zunzún (Mellisuga helenae), el más pequeño de los anfibios: el sapito (Sminthillus limbatus), o uno de los mamíferos más pequeños: el murciélago mariposa (Natalus lepidus).

En las montañas encontramos varias especies de moluscos, entre los que se destacan la Sacrysia petitiana y los caracoles del género Polymita, mientras que en el mar son característicos el cobo (Strombus gigas) y el ostión (Ostrea rizophorse).